
Deux ans se sont écoulés depuis la fin de la quatrième Grande Guerre Ninja. Konohagakure est resté dans un état de paix et d'harmonie – jusqu'à ce que Sixth Hokage Kakashi Hatake remarque que la lune approche dangereusement de la Terre, posant la menace de la ruine planétaire. Au milieu de la grave épreuve, Konoha est envahie par un nouveau mal, Toneri Ousutuski, qui enlève soudain la petite sœur de Hinata Hyuuga Hanabi. Kakashi envoie une équipe de ninja qualifiée composée de Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai et Hinata dans un effort pour sauver Hanabi des embrayages diaboliques de Toneri. Toutefois, pendant leur mission, l'équipe est confrontée à plusieurs obstacles qui les mettent en difficulté, ce qui nuit à leurs efforts. Avec son enlèvement, les relations que l'équipe partage les unes avec les autres sont testées, et avec le monde qui atteint le bord de la destruction, ils doivent courir contre le temps pour assurer la sécurité de leur planète. Pendant ce temps, comme la bataille s'ensuivit, Naruto est poussé à se battre pour quelque chose de plus grand qu'il n'a jamais imaginé – l'amour.