

Malgré la défaite de Quinella – le pontifex de l'Église Axiom – les choses ne semblent pas encore se calmer. En contactant le monde réel, Kazuto "Kirito" Kirigaya découvre que la tortue de l'océan, méga-float contrôlé par Rath, a été attaquée. En raison d'un court-circuit soudain causé par les raideurs, le feu de Kirito est endommagé, le laissant coma. Se sentant mal à l'aise avec les gens de l'église Axiom, Alice ramène l'inconscient Kirito dans sa ville natale, Rulid Village, sans tenir compte de son bannissement en raison d'un crime non résolu. Maintenant, Alice vit une vie ordinaire et paisible près du village, souhaitant que Kirito se réveille. Cependant, la tragédie frappe quand Alice remarque que le Territoire Noir a déjà commencé à envahir l'Empire Humain. Reprenant son pseudonyme précédent, Alice Synthesis Trente, elle promet de vaincre le Territoire des Ténèbres afin de défendre le monde que Kirito et Eugeo ont tant travaillé pour protéger.