

La Terre a développé un système de défense contre les grosses météorites qui sont en collision avec elle. Ce système de protection est composé des Comet Blasters basés dans plusieurs stations spatiales comme 1ère ligne de défense, utilisant des ogives nucléaires lancées par des vaisseaux spatiaux. La 2e ligne de défense consiste en la mise à l'eau des brise-glace Meteor à partir des bases aériennes au sol à l'aide d'avions hypersoniques équipés de missiles spéciaux pour traiter les débris résultant des explosions. Mikaze est une jeune fille troublée qui est une stagiaire pilote pour une équipe Meteor Sweeper qui rêve de devenir un prestigieux pilote Comet Blaster. Stratos 4 tourne autour des défis de Mikaze et de ses coéquipiers pour devenir de vrais pilotes, tandis que la Terre fait face aux menaces qui viennent de l'espace.