
Magano, un royaume parallèle rempli de monstres appelés "Kegare", est un endroit où les exorcistes traitent toutes les impuretés. Benio Adashino est une exorciste prodige qui est reconnue pour sa force et qui est convoquée à Tokyo par l'Union Exorciste. En chemin, elle sombre dans les bras de Rokuro Enmadou, jeune exorciste au passé troublé. Mais les impuretés de Magano ne reposent pas. Lorsque ces deux exorcistes sont témoins d'un couple d'enfants volés par un Kegare, Benio se précipite pour les sauver, traînant Rokuro avec elle dans Magano. Engagée dans un combat qu'elle est sur le point d'être vaincue, Benio est sauvée par Rokuro, se révélant capable d'être sa rivale en talent. Sousei no Onmyouji raconte l'histoire de deux exorcistes talentueux qui sont destinés à devenir les « Exorcistes Twin Star » et les parents prophétisés du Miko – la réincarnation d'Abe no Seimei – qui vont nettoyer le monde de toutes les impuretés.