

Dans l'année Après la colonie 196, un an après la conclusion de la guerre civile intergalactique, un état de stase prévaut sur la Terre et ses colonies. Ne voyant plus d'usage pour leurs costumes mobiles Gundam, les héros de guerre Duo Maxwell, Heero Yuy, Trowa Barton et Quatre Raberba Winner décident de détruire ces armes en les lançant sur la surface du soleil. Avant que le Gundam n'arrive à destination, la paix universelle est brisée par l'émergence de Mariemaia Khushrenada, unique enfant de l'ancien aristocrate tyrannique Treize. Mariemaia enlève la diplomate Relena Peacecraft et annonce son intention de lancer l'opération Meteor, dans l'intention de réaliser posthume le complot de domination mondiale de Treize. Avec l'aide de l'ancien ennemi Zechs Marquise et de son costume mobile Tallgeese, les pilotes héroïques doivent reprendre leurs costumes mobiles pour mener une dernière bataille contre la dynastie Khushrenada, y compris la lutte contre leur ancien allié Wufei Chang, se conformant désormais aux ambitions de Mariemaia.