
L'année est 1983. La guerre froide est en plein effet, et l'humanité est attaquée. D'étranges extraterrestres, sous le nom de "BETA", sont descendus sur Terre dans le but de détruire toute vie. Des soldats ont été chargés de piloter de grandes combinaisons de combat appelées Tactical Surface Fighters (TSF) pour repousser les envahisseurs extraterrestres, mais la ligne de front est lentement repoussée vers les villes survivantes. Schwarzesmarken suit l'histoire du sous-lieutenant Theodor Eberbach et des autres membres du 666e escadron TSF, une unité impitoyable qui valorise l'achèvement d'une mission sur la vie humaine. Stationnée en Allemagne de l'Est et dirigée par le héros de guerre Capitaine Irisdina Bernhard, l'unité se spécialise dans les attaques contre les attaques de la classe laser BETA. Mais le 666e escadron se retrouve avec plus d'ennemis que les forces extraterrestres quand la recrue optimiste Katia Waldheim se joint à l'escadron, attirant l'attention de la police secrète de l'Allemagne de l'Est, la Stasi.