
La patrie du Genesect n'existe plus. Après trois cents millions d'années, les montagnes enneigées où vivait autrefois le Pokémon paléozoïque ne sont plus habitables, mais toute la course n'est pas éteinte. Plusieurs spécimens sont encore vivants et désespérés pour trouver un nouvel endroit pour rentrer chez eux. Dirigés par un Genesect brillant et accompagnés par le légendaire Pokémon Mewtwo, les créatures vagabondes arrivent à New Tork City. Percevant l'horizon de la ville comme semblable à leur habitat initial, le Genesect prend le centre-ville, chassant d'autres Pokémon et menaçant l'existence de la population locale. En plus de cela, le leader de Genesect affronte Mewtwo dans un duel rusé et rapide qui doit détruire toute la ville, et c'est à Satoshi et à ses compagnons de sauver la ville et de réconcilier la querelle de Pokémon.