
Il y a longtemps, les habitants du palais de Camaron se trouvaient au bord de la destruction. Heureusement, ils l'ont échappé quand Sir Aaron, le Vrai Gardien d'Aura, les a sauvés. Il s'est sacrifié pour arrêter une guerre entre les royaumes. Dès ce jour, un tournoi est organisé chaque année pour commémorer son noble acte. Satoshi, un entraîneur en herbe Pokémon de Kanto, parvient à gagner le dernier tournoi et est autorisé à manier un personnel qui aurait appartenu à Sir Aaron lui-même. Lucario, l'Aura Pokémon – qui est aussi le serviteur du Vrai Gardien – émerge du bâton. Cependant, rappelant son dernier souvenir de son maître l'abandonnant, Lucario s'enfuit dans la confusion. Pendant ce temps, Pikachu, le compagnon de Satoshi, est brusquement emmené par un Pokémon nommé Mew dans le légendaire arbre du commencement. Seul Lucario connaît la voie, mais il ne veut pas faire confiance aux humains après la trahison de son maître. Malgré cela, pour sauver son partenaire, Satoshi et ses compagnons doivent acquérir toute l'aide dont ils ont besoin et se rendre à l'Arbre du commencement, déployant des vérités cachées depuis des siècles.