
Après le Tournoi de Higaki de la Ligue Isshu, Satoshi et ses amis ont entrepris un nouveau voyage vers les 'Ruines Blanches' découvertes par le père du professeur Araragi, un endroit lié à Reshiram, un Pokémon appelé légendaire. Là, ils rencontrent le mystérieux jeune N, qui prétend comprendre ce que Pokémon dit. Et puis le groupe s'implique dans une expérience inquiétante sur Pokémon menée par le Gang Plasma ! A travers les travaux du mystérieux scientifique Achroma, même Pikachu et Kibago deviennent hostiles envers Satoshi et ses amis !? Quelles sont les véritables ambitions du leader du gang Plasma Ghetsis, qui révèle que le gang a cherché N!? Et puis, le trio Rocket Gang fait son retour dans la région d'Isshu!! Leur mission actuelle les met en conflit avec le gang Plasma... comment se déroulera la bataille qui en résultera !?