
L'élève de deuxième année du secondaire Ichirou Satou a toujours été une personne moyenne, c'est-à-dire jusqu'à ce qu'il tombe dans des situations pas si moyennes avec son professeur, Kana "Le Démon" Kojima. Kojima est l'enseignant de langue japonaise de Satou qui a la réputation d'être si impitoyable que même les délinquants scolaires se prosternent devant elle. Un jour fatidique, les choses s'aggravent quand Satou entre dans Kojima dans les toilettes, les conduisant à partager une rencontre intime qui rend son imagination sauvage pendant des jours après. Nande Koko ni Sensei ga ? suit la vie quotidienne de Satou et de son professeur pendant qu'ils continuent à se rencontrer dans des conditions similaires, de plus en plus proches de chaque rencontre.