
Le navire de guerre Aegis Destroyer effectue des exercices publics dans la baie de Maizuru où, par coïncidence, un navire étranger suspect a été repéré récemment. Conan Edogawa, Ran Mouri, Kogorou Mouri, Sonoko Suzuki et les Détective Boys reçoivent tous un billet pour assister à cet événement. Cependant, pendant les opérations militaires en cours, un des membres de l'équipage rencontre le bras gauche coupé d'un lieutenant. Conan découvre plus tard qu'un espion étranger peut avoir infiltré le navire de guerre pour obtenir des informations classifiées par tout moyen nécessaire. Si l'information devait fuir, la ligne de défense du Japon serait exposée, laissant le pays sans protection contre une attaque hostile. Avec l'aide de la police en mer tandis que d'autres amis et alliés enquêtent sur le continent, Conan doit maintenant prévenir cette crise nationale et identifier l'espion pour le bien du Japon.