
Le jour décisif de l'ouverture du nouveau métro de Tokyo, la Touto Line, est venu, mais un incident de bombardement met fin à toutes les célébrations. Le gouverneur de Tokyo est pris dans l'explosion à bord du train, mais lui et tous les autres présents est heureusement sauvé par la pensée et les actions rapides de Conan Edogawa. Intrigué par l'incident, Conan étudie l'histoire politique du gouverneur et découvre que cet homme était responsable de la destruction d'un village de Niigata pour construire le barrage de Kitanosawa. Estimant que l'attaque devait être liée à la construction du barrage, Conan, accompagné de Ran Mouri, Kogorou Mouri, Professeur Agasa, Sonoko Suzuki, et les Détective Boys, décide de visiter le village et d'enquêter. Là, ils rencontrent un groupe de locaux qui vivaient dans le vieux village avant qu'il ne soit détruit. Cependant, tout comme un mystère mène à un autre, un des habitants est assassiné. Soupçonnant que quelque chose de beaucoup plus sinistre est debout, Conan s'engage à découvrir la vérité derrière ces deux incidents avant qu'il ne soit trop tard.