

Il y a quinze ans, dans une partie stérile du Pacifique, un bateau de croisière a heurté un iceberg et a été perdu en mer. Plus d'une décennie plus tard, Hideto Yashiro, un mécanicien de navire, est mort dans un accident de voiture mortel. Le lien improbable entre ces événements n'apparaît que sur le paquebot de luxe St. Aphrodite pendant son voyage inaugural. Kogorou Mouri, sa fille Ran, Conan Edogawa et les Detective Boys profitent d'un voyage offert par la famille de Sonoko Suzuki. Mais leur plaisir est bientôt coupé quand un jeu de cache-cache mène à la disparition de Sonoko. Quelque temps plus tard, le PDG du groupe Yashiro, qui a construit la St. Aphrodite, est retrouvé poignardé à mort et son père disparu. Pendant que l'enquête de la police s'achève, Conan se ferme sur le coupable. Sans vouloir être appréhendé, le coupable menace de faire exploser la St. Aphrodite et de couler tous ses passagers. Comme la coque du navire se remplit rapidement d'eau, la vérité derrière les meurtres vengeurs est finalement révélée. Sans aucun endroit pour s'échapper, Conan et Kogorou doivent lutter avec le coupable insaisissable avant que tout le monde à bord soit traîné au fond de l'océan.