
Après la défaite de Myouri Unzen aux mains de Medaka Kurokami et de son conseil étudiant, la paix est revenue à l'Académie Hakoniwa, du moins pour un court moment. Bientôt, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune et Mogana Kikaijima se retrouvent enveloppés dans un autre sinistre projet, connu sous le nom de "Plan de Flasque", dirigé par le directeur de l'école lui-même. Cependant, le premier problème du conseil est de s'occuper d'un tout nouveau groupe d'étudiants surhumains qui s'appellent eux-mêmes "Thirteen Party", dirigé par le puissant mais égoïste Oudo Miyakonojou. Avec le plan Flasque mystérieux, la tyrannie d'Oudo, et le resurfaçage d'un vieil ennemi, l'état de l'Académie Hakoniwa est loin d'être tranquille, et Medaka et ses compagnons ont les mains pleines car les choses ne deviennent que beaucoup plus anormales.