

Plusieurs mois se sont écoulés depuis l'incident de Jewel Seed, et Nanoha Takamachi se prépare à accueillir Fate Testarossa de nouveau de son procès avec le Bureau administratif. Ayant reçu une clémence conditionnelle pour son rôle dans la prévention de la crise, le destin a été autorisé à fréquenter l'école avec Nanoha. Cependant, avant que les deux filles puissent s'installer dans leur vie quotidienne ensemble, un groupe de mages sombres descendent soudainement sur eux. Suralimentés par leurs assaillants inconnus, Nanoha et Fate ont leur mana absorbé par un sinistre grimoire, et les deux Raising Heart et Bardiche sont endommagés dans le processus. Ceux qui sont derrière cette embuscade sont connus sous le nom de Wolkenritter, et ses quatre membres — Vita, Signum, Shamal, et le Zafila familier — ont été convoqués par le Livre des Ténèbres pour exécuter ses offres malignes. Le propriétaire actuel du livre est la jeune fille Hayate Yagami, ignorant sa vraie nature tandis que le Wolkenritter, chargeant son pouvoir avec la mana volée de force, est tenu de chercher l'achèvement du tome. Drainé à gauche et sans armes, Nanoha et Fate doivent courir contre le temps pour récupérer leur force et affronter le Wolkenritter, dans le but d'empêcher le quatuor de terminer le Livre des Ténèbres et de libérer sa magie dévastatrice sur le monde.