
Zenigata arrive à la fête d'anniversaire d'un politicien important pour enquêter sur une fausse carte d'appel Lupin. Lupin arrive aussi. Soudain, des assassins masqués entrent et commencent à tirer sur tout ce qui bouge. Zenigata poursuit Lupin au milieu de tous les coups de feu et l'entoure dans la cour de la maison. Soudain, une main tenant un Walther P-38 sort d'une fenêtre et tire Zenigata dans la poitrine. Lupin reconnaît le Walther comme le sien et décide d'enquêter. Les assassins qui ont attaqué le parti proviennent d'une île cachée appelée l'île d'Assassins. L'île est gardée secrète par l'aide de hauts fonctionnaires du monde entier qui utilisent les assassins sur l'île pour leurs propres gains personnels. Il y a beaucoup de secrets cachés sur l'île, mais Lupin, Goemon, Jigen et Fujiko se retrouvent impliqués dans un complot qui déchire les habitants de l'île en deux. Le film se plonge aussi dans le passé de Lupin à l'époque pré-Jigen.