
L'inspecteur Zenigata a été retiré de l'affaire Lupin, ce qui le laisse dégonflé, et il finit par boire avec Lupin & Jigen. Lupin décide que lui et son gang devraient travailler avec Zenigata pour résoudre son nouveau cas, enquêtant sur un groupe de marchands d'armes connu sous le nom de Shot Shell. Lupin rassemble ses partenaires (Jigen, Goemon, & Fujiko), et avec Zenegata ils volent un sous-marin russe. Ils ont kidnappé une scientifique nommée Karen Korinsky pour les aider à opérer le sous-marin, et aussi pour la protéger de Shot Shell. Pendant ce temps, l'ICPO assigne un homme nommé Keith Hayden à l'affaire Lupin, et contrairement à Zenigata, il veut la mort de Lupin et de son groupe. Là où Lupin et ses amis vont, Keith suit, alors que l'officier essaie de les choisir un par un.