
Les jumeaux Megumu Kobayashi et Mitsuru Kobayashi fréquentent différentes écoles, une pour les filles et une pour les garçons. Un jour, s'ennuyant d'être entourés par d'autres de leur propre sexe, ils décident d'échanger des places entre eux. Alors que la tromperie semble passer inaperçue pendant un certain temps, les choses deviennent un peu plus compliquées lorsque la possibilité de romance surgit. Kobayashi ga Kawai sugite Tsurai!! commence quand une confession sincère de Megumu conduit à partager un baiser avec la classe supérieure Aoi Sanada tout en se déguisant en son frère. Cela laisse Aoi, qui n'a jamais été bon avec les filles pour commencer, questionner s'il aime les gars à la place. De même, Mitsuru trouve la haute reine de l'école, Azusa Tokugawa, dans une position vulnérable qui laisse son cœur courir dans ses bras. Les deux couples sont lovey-dovey, mais le secret des identités changées des jumeaux n'a pas encore été révélé...