
En l'an 74 de l'ère cosmique, la guerre civile qui sévit entre les Naturals et les Coordonnatrices spatiales prend fin. Victime d'un revers majeur, Kira Yamato pilote le Strike Freedom Gundam et dirige l'Archange et son équipage dans une tentative désespérée de détruire le Requiem, une super-arme destinée à anéantir la plupart des vies humaines dans l'univers. Aux côtés de Kira combat son meilleur ami et rival Athrun Zala, un pilote as qui doit se défendre contre la colère de son ancien subordonné Shinn Asuka, pilote du puissant Destiny Gundam. Shinn croit Athrun pour être un traître, un obstacle au cours de l'avenir pacifique de l'univers. Alors que des bagarres de costumes mobiles de vie ou de mort sont menées pour le destin de la galaxie, une guerre tentaculaire entre des humains incapables de se comprendre les uns les autres tire à sa conclusion.