
Le film commence avec Fuyuki Hinata et le peloton Keroro explorant un temple abandonné dans la ville montagnarde de Machu Picchu au Pérou. Pendant l'exploration, Keroro déclenche accidentellement un piège, et par hasard ils trouvent une chambre cachée avec un grand cristal bleu au centre, sur un stand qui a une clé en elle. Keroro s'appuie sur la clé, provoquant l'activation de la pièce d'une machine mystérieuse, ce qui a provoqué tout le temple à trembler. Dès que le groupe s'est rendu compte de ce qui se passait, ils ont quitté la pièce. En courant, Keroro perd accidentellement son Kero Ball tandis que Fuyuki attrape un aperçu fugace d'une jeune femme brillante alors qu'il court, et dit à Keroro qu'il y avait une fille dans la pièce, mais il est forcé de quitter la pièce avant de pouvoir dire quoi que ce soit d'autre. Le groupe s'échappe avec succès, tandis que la jeune fille (qui pousse maintenant une paire d'ailes brillantes) les regarde partir - alors qu'au retour dans la chambre, quelque chose se développe dans le cristal...