
Shiki Ryougi, Mikiya Kokutou et Touko Aozaki commencent à enquêter sur un bombardier après avoir été témoins d'une explosion. La même nuit, Shiki aperçoit le bombardier et, par conséquent, il se fixe sur elle. Pour se débarrasser d'elle, le fou joue un jeu de chat et de souris en essayant de l'attirer dans un garage vide. Et les bombes ne sont pas la seule chose qu'il a dans son arsenal : il possède aussi la capacité de voir l'avenir, et il a l'intention de mettre fin à Shiki. Ailleurs quelques jours auparavant, un étudiant de la Reien Girls' Academy, Shizune Seo, prévoit de rentrer chez lui pour l'été. Cependant, tout en sortant d'un bus, elle a une vision de l'avenir impliquant la mort d'un étranger voisin. Tout en essayant d'avertir l'étranger, elle rencontre Mikiya, qui réussit à utiliser efficacement les informations de Shizune. Par la suite, un employé est envoyé au travail avec la fille de 10 ans de son employeur en remorquage. Cependant, le sujet de son enquête s'avère être un fantôme de leurs deux passé. Mirai Fukuin raconte les histoires de la chronologie principale des films Kara no Kyoukai, ainsi qu'une série à l'avenir.