

À la suite de l'opération massive qui a conduit à l'internement de la récente recrue Kafka Hibino, connue sous le nom de Kaijuu No 8, les Forces de défense ont été perplexes par la façon de traiter avec lui. Kafka est le premier kaijuu à se joindre aux humains, et après un examen attentif, il est finalement transféré à la première division de la Force de défense dans l'espoir d'ajouter son pouvoir à la division la plus forte, capable de gérer toute menace. Cependant, certaines personnes doutent encore de Kafka, et il doit prouver sa valeur dans la prochaine mission. Kafka et la Première Division sont bientôt envoyées quand une horde massive de kaijuu comme une fourmi commence à causer des ravages. Grâce à la force combinée de l'ami Kikoru Shinomiya de Kafka et de leur capitaine, le général Narumi, la mission semble progresser comme il se doit. Cependant, lorsque Kafka ne parvient pas à se transformer en sa forme kaijuu, l'effroyable Kaijuu No. 9 se joint à la bataille avec un seul but – l'éliminer et voler son pouvoir. Bien que la situation semble sombre, Kafka doit surmonter son procès le plus difficile encore avec les autres s'il veut poursuivre son rêve : se battre côte à côte avec son ami d'enfance et le capitaine de troisième division, Mina Ashiro.