

Après Leader X est apparemment détruit pour de bon à la fin de Gatchaman II, un fragment de lui qui a survécu grandit et mute en Z. Avec le chef de la famille Egobossler, le comte Egobossler (et ses deux subordonnés Mechandol et Kempler), Z est penché sur la destruction de la Terre, et l'équipe Science Ninja, une fois de plus. À la suite de la mort d'Anderson, le Dr Nabu est devenu le nouveau chef de l'ISO, tandis que l'équipe est maintenant confinée à la base sous-marine Gallatown (alias G-Town). L'ingénieur Kamo est présenté, et après la destruction du Nouveau DieuPhoenix tôt, l'équipe reçoit le nouveau Gatchaspartan comme leur mecha. Le Gatchaspartan a également un mode spécial, appelé Hypershoot, qui ne peut être utilisé que par Ken (avec sa nouvelle épée "Gatchafencer"). À mesure que la série progresse, on apprend que l'exposition au rayonnement résultant de l'utilisation constante de l'Hypershoot tue lentement Ken, et que l'utilisation continue signifierait la mort. Pendant ce temps, Z prévoit de détruire la terre avec un astéroïde antimatière, nommé code "Poison Apple".