
L'année est 21XX. Les reploïdes sont maintenant monnaie courante, après que le Dr Cain a redécouvert l'ancien laboratoire du Dr. Light et a fondé plusieurs dessins de l'original du Dr. Light, appelé « Megaman X ». X, quant à lui, a rejoint les chasseurs Maverick et travaille avec le chef d'unité Zero sous le commandement du général Sigma. C'est leur travail de mettre fin aux réploïdes voyous, ceux qui sont devenus violents.