

100 autres années se sont écoulées depuis la fin de Harukanaru Toki no Naka de 2 (200 ans après l'anime original). Dans le passé, c'est-à-dire, très peu de temps s'est écoulé à l'avenir. Un jour, Kasuga Nozomi rencontre un garçon étrange à son école secondaire, qui l'envoie à travers le temps et l'espace à Kyou, un endroit dans un autre monde qui porte une forte ressemblance avec Kyoto vers la fin de la période Heian. Là, le clan Minamoto ("Genji"), dirigé par Minamoto no Yoritomo, est en guerre avec le clan Taira ("Heike"), dirigé par Taira no Kiyomori. Le Heike espère vaincre le Genji en libérant des esprits vengeurs pour perturber le flux naturel d'énergie de la terre et terroriser la terre. Le garçon est révélé être la forme humaine de Hakuryuu, le Dieu Dragon Blanc qui protège Kyou, qui est affaibli par la présence des esprits vengeurs. Comme le Hakuryuu no Miko (Prietess of the White Dragon God), Nozomi s'allie au Genji parce que Hakuryuu ne peut pas la renvoyer chez elle jusqu'à ce que son pouvoir soit rétabli...