
Déguisé comme un garçon, le jeune Chizuru Yukimura quitte sa maison tranquille et se rend à Kyoto à la recherche de son père disparu, médecin du nom de Koudou. Elle apprend bientôt que la capitale volatile est un endroit dangereux où elle est prise en embuscade par une paire de ronins dans les rues. Beaucoup à son horreur, le ronin sont tués devant ses yeux par des samouraïs aux cheveux blancs et aux yeux rouges, pour être rapidement éliminés par trois hommes du Shinsengumi, une force de police spéciale qui servent le shogun. Après l'incident, Chizuru se retrouve placée en garde à vue par les Shinsengumi pour de nouveaux interrogatoires. Lorsqu'il apprend que son père disparu est aussi l'homme qu'il recherche, le chef lui permet de rester à ses soins pendant qu'ils cherchent où il se trouve. Tout en travaillant comme assistant pour le commandant Toshizou Hijikata, Chizuru découvre lentement à quel point l'environnement politique troublant de Kyoto et les samouraïs diaboliques aux cheveux blancs sont liés à elle.