
Après la conclusion de Hakuouki, Chizuru Yukimura et les Shinsengumi sont contraints de fuir Kyoto et de mettre la voile pour Edo. En l'absence de leur commandant Isami Kondou, le vice-commandant Toshizou Hijikata intervient comme commandant par intérim. Cependant, Hijikata n'est pas seulement aux prises avec les fonctions supplémentaires de leadership – qui inquiètent tout le monde autour de lui – mais aussi avec une nouvelle effusion de sang incontrôlable. Pour aggraver les choses, l'envie ne l'affecte pas seul, et il commence même à rendre fou certains de ses subordonnés. Enfin, Kondou revient avec l'ordre de l'empereur de défendre le château, et un nouveau nom pour leur équipe: le Kouyou Chinbutai. Mais en temps de guerre, l'équilibre du pouvoir peut changer soudainement et les allégeances peuvent s'inverser. À Hakuouki Hekketsuroku, Chizuru suit le Shinsengumi au cœur de la guerre et poursuit la recherche de son père disparu, tout en renforçant le lien entre elle et Hijikata.