

Gintoki et ses amis Yorozuya (ou plutôt, les employés souffrant de violations du travail), Shinpachi et Kagura, continuent de se gratter par la ville futuriste, infestée d'étrangers d'Edo. Ils prennent tout le travail qu'ils peuvent trouver en essayant de ne pas s'impliquer dans quelque chose de trop dangereux. Mais lorsque Katsura, le chef des rebelles Joui et la connaissance de longue date de Gintoki, disparaît après avoir été brutalement attaqué par un assassin inconnu, Shinpachi et Kagura commencent une enquête sur son emplacement et l'identité de l'agresseur. Pendant ce temps, Gintoki prend un travail apparemment sans rapport : le forgeron Tetsuya demande à Gin de récupérer une épée étrange et puissante appelée le Benizakura qui a été récemment volé. Alors que les deux enquêtes se croisent progressivement, l'équipage de Yorozuya se retrouve au milieu d'une grande conspiration qui dépend de la nature sinistre de l'épée de Benizakura. Gintoki décide de mener le combat directement au quartier général de l'ennemi, et, avec quelques alliés inattendus, se lance dans l'un de ses travaux les plus périlleux.