

Kanji Sasahara est une étudiante introvertie à la recherche d'un endroit où s'intégrer. Un jour, il tombe sur le club connu sous le nom de Société pour l'étude de la culture visuelle moderne – autrement connu sous le nom de Genshiken – qui sert à rassembler tout le spectre de la culture otaku. Sa première visite au club, cependant, ne se termine pas bien car la fierté de Sasahara est écrasée par son aîné, Harunobu Madarame, et il quitte la réunion en niant pleinement sa nature otaku. Cependant, après avoir été ami avec le membre du club Makoto Kousaka, qui s'avère être un otaku hardcore malgré ses apparences, Sasahara s'implique davantage dans les activités du club qui incluent l'obsédé par leur anime préféré, la lecture doujinshi, et assister aux conventions. Là-bas, il rencontre d'autres personnes intéressantes comme la petite amie sans otaku de Kousaka, Saki Kasukabe, qui s'efforce de transformer son petit ami en "homme normal". Alors que Saki lutte pour comprendre la culture otaku et l'amour de son petit ami pour elle, Sasahara se retrouve en train de profiter de son temps à Genshiken, éliminant progressivement tout déni qu'il avait une fois à propos d'être un otaku et s'immergeant dans un style de vie otaku.