
Cette saison est une continuation directe des Zero Duel Masters avec le même réglage alternatif, le même tracé et les mêmes caractères. La seule différence entre les deux saisons a été le passage de l'animation 2D à l'animation 3DCGI. Il suit après le duel de Shobu vs. Hakuoh, qui dévoile plus tard Hakuoh et Jura coopèrent avec le principal antagoniste de la série : le professeur March, qui vise à contrôler chaque créature en obtenant chaque Duel Orb.