

Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi a lieu un an après la défaite de Bagramon et de la compagnie. Depuis, Taiki Kudou et Yuu Amano ont formé une équipe de basketball avec son camarade de classe, Tagiru Akashi. Un jour, Tagiru découvre une zone étrange appelée le DigiQuartz, un royaume étrange et instable qui existe entre les mondes humain et numérique. Il se rend ensuite compte que des enfants du monde entier ont obtenu Xros Loaders ainsi que des partenaires de Digimon pour participer à un concours appelé «Digimon Hunt». Digimon qui errent du monde numérique dans le DigiQuartz sont capables de se nourrir de ce que les émotions négatives fuient du monde humain. Cela rend le Digimon plus fort au détriment d'être extrêmement violent. En conséquence, les chasseurs Digimon doivent travailler pour empêcher ces Digimon de causer des ravages dans le monde humain. Enrôlé par le Gumdramon trouble making, Tagiru vise à devenir le meilleur chasseur Digimon, tout en ignorant les connexions précédentes de Taiki et Yuu. Pourtant, une force sinistre se cache avec la création du DigiQuartz, et les jeunes chasseurs vont bientôt réaliser que le Digimon Hunt est bien plus qu'un simple jeu...