
Situé dans l'année 2100 où le monde est lié par un réseau informatique. Les enfants du monde deviennent des plongeurs Web, adaptant leur conscience aux données, et aiment jouer ensemble dans le cyberparc appelé Magical Gate. Cependant, un mystérieux virus informatique semble commencer à détruire Magical Gate de l'intérieur. Dans le cyberespace, des programmes appelés Chevaliers Web ont été créés pour protéger les enfants. Mais le virus de l'ordinateur a tourné tous les Chevaliers du Web contre les enfants. Le seul Chevalier du Web à échapper au « lavage de cerveau » est Gladion. Gladion cherche l'aide de Kaito Yuki, un navigateur qui est en quatrième année.