
Le jeu est placé dans un futur lointain dans une dimension parallèle appelée l'Arche cosmique. Il y a une race de robots dormants et gigantesques appelés Arks, qui se sont soudain réveillés pour trouver leur galaxie gouvernée par le chaos maléfique. Depuis qu'ils sont dormants pour les éons, les trois grandes Arches de la Sagesse, du courage et de la force ont été drainées de leur énergie, et maintenant il ne reste que assez d'énergie pour que l'une d'entre elles soit ravivée avec le pouvoir de vaincre le chaos maléfique. Pour ce faire, trois unions différentes de disciples de chacune des grandes arques se sont formées, chacune en compétition pour la renaissance de leur arche respective et ainsi, pour la défaite du Chaos et le sort du monde. Outre cette histoire globale, il y a plusieurs backstories de personnages du jeu. Il y a, par exemple, le fond de Crimrose et Ivis, l'histoire d'Eihwaz, ou la rencontre entre Eris et Resha entre autres.