
Dans une série d'événements différents, cette histoire ne suit pas la précédente Canon du film Appleseed (en dépit d'être réalisé par le même réalisateur des films précédents); c'est une histoire alternative à leurs débuts. Briareos est déjà un cyborg et ne s'est pas séparé de Deunan pour être ensuite réuni à Olympus pour rejoindre ESWAT. Appleseed Alpha dépeint les premiers jours de Deunan Knute et Briareos au 22ème siècle, alors qu'ils s'embarquent dans un voyage à travers les ruines dystopiques de New York à la recherche de la ville d'Olympe. Ils sont engagés par Two Horns, le seigneur de guerre de la ville ruinée, pour éliminer les machines de combat bipédales. Pendant le combat, ils rencontrent Iris et Olson, tous deux en mission. Deunan et Briareos sont amis et décident de rejoindre leur mission. Iris est chargé d'empêcher le cyborg maléfique Talos de capturer une arme secrète que les humains construisaient. Talos utilise Iris pour activer la gigantesque machine de guerre.