

De retour de leurs vacances d'été, les élèves de la classe 3-E de la prestigieuse école moyenne de Kunugigaoka se retrouvent face à des chances imbattables. Face à la possibilité de l'anéantissement du monde, les élèves doivent trouver des moyens de plus en plus élaborés et créatifs de tuer leur professeur, le Koro-sensei rusé mais optimiste et serviable. Cependant, éliminer Koro-sensei n'est pas le seul objectif dont les étudiants doivent s'inquiéter. Gakuhou Asano, le directeur impitoyable et cruel de l'académie, cherche à empêcher le succès de la classe 3-E en lavant le cerveau de ses autres élèves qui travaillent dur dans des machines d'étude impitoyables et compétitives. L'hostilité commence à s'attarder dans l'air comme traîtres et tueurs à la fois tenter de réclamer la prime sur la tête de Koro-sensei pour eux-mêmes. Nagisa Shiota, l'un des assassins les plus habiles de classe 3-E, se retrouve au milieu du conflit. Bien qu'il s'efforce de maintenir sa réputation académique et d'empêcher la fin du monde, les affaires intérieures mettent en péril sa place dans la classe 3-E. Avec ses camarades de classe dévoués, il doit maintenant affronter les menaces de front.